消費税の課税事業者選択には3年縛り。100万円と1,000万円の境目

設備投資の消費税を返してもらうには、免税事業者をやめて課税事業者を選ぶ必要があります。ここまでは多くの解説が書いています。

書かれていないのは、その選択には「2年」ではなく「3年」の縛りが付くことがあるという点と、その引き金になる金額が人によって100万円と1,000万円に分かれることです。しかも、還付が1円でも出る投資額は、100万円よりはるかに大きい水準にあります。

免税事業者のままでは、還付は受けられない

免税事業者は課税仕入れ等に係る消費税額の控除ができません。そのため、売上に係る消費税額より仕入れに係る消費税額のほうが多い年でも、差額を返してもらうことはできません。

還付を受けるには、消費税課税事業者選択届出書を出して課税事業者になる必要があります。提出期限は、還付を受けようとする課税期間の初日の前日まで。ただし事業を開始した日の属する課税期間であれば、その課税期間中に出せば間に合います（国税庁 No.6501 Q1）。

法人成りの1期目に大きな買い物をする予定があるなら、この「事業を開始した日の属する課税期間」の扱いが効いてきます。設立してから出しても、その期から課税事業者になれるためです。

そしてこの届出書は、出したら自動では止まりません。消費税課税事業者選択不適用届出書を提出しない限り効力は続き、その後に基準期間の課税売上高が1,000万円以下になった課税期間でも免税事業者には戻りません（同 Q2）。

選択したら、まず2年は戻れない

課税事業者選択不適用届出書には提出時期の制限があります。事業を廃止した場合を除き、課税事業者となった日から2年を経過する日の属する課税期間の初日以後でなければ提出できません。

届出書の効力は、提出があった日の属する課税期間の末日の翌日から失われます。つまり、出せるようになった課税期間中に提出しても、免税事業者に戻るのはその次の課税期間からです。結果として、課税事業者となった日から2年間は免税事業者になれません。

個人事業者が令和9年1月1日から課税事業者になった場合で追うと、こうなります。

• 令和9年・令和10年：課税事業者
• 令和10年1月1日以後に不適用届出書を提出できる
• 令和11年1月1日：免税事業者に戻る

なお、この2年の制限は、インボイス登録の経過措置で課税事業者になった場合の2年とは別のルールです。両者の違いはインボイス登録をやめる手続きで整理しています。

100万円以上の資産を買うと、2年が3年になる

ここからが本題です。課税事業者選択届出書を提出した事業者が、課税事業者となった日から2年を経過する日までの間に開始した各課税期間中に調整対象固定資産の課税仕入れ等を行い、かつその課税期間の確定申告を一般課税で行った場合、仕入れ等を行った課税期間の初日から原則として3年間は免税事業者になれません（No.6501）。

調整対象固定資産とは、棚卸資産以外の資産で、建物およびその附属設備、構築物、機械および装置、船舶、航空機、車両および運搬具、工具、器具および備品、鉱業権その他の資産のうち、一の取引単位の価額（税抜）が100万円以上のものをいいます。

社用車、業務用の機械、まとまった額の器具備品は、ふつうに該当します。在庫は棚卸資産なので入りません。

見落とされやすいのは、この3年が「取得した課税期間の初日から」数えることです。買う年が1年ずれると、縛りの終わりも1年ずれます。

調整対象固定資産を買った課税期間	課税事業者である課税期間	免税に戻れる最初の課税期間	2年の原則より延びる年数
買わない	1期目・2期目	3期目	—
1期目に買った	1期目〜3期目	4期目	1年
2期目に買った	1期目〜4期目	5期目	2年

同じ資産を同じ金額で買っても、1期目に買えば縛りは1年延び、2期目に買えば2年延びます。還付のタイミングを翌期に回すと、戻れない期間は逆に長くなるということです。

法人側にも同じ構造の規定があります。設立1期目・2期目の基準期間がない法人のうち、資本金1,000万円以上で設立した新設法人と特定新規設立法人が、基準期間がない課税期間中に調整対象固定資産を取得し一般課税で申告した場合、その課税期間から3年を経過する日の属する課税期間まで免税事業者になれません（No.6503）。資本金の1,000万円という線については法人化のときの資本金で扱っています。

あなたに効く線は100万円か1,000万円か

ここが最も誤解されている部分です。「100万円以上の固定資産を買うと3年縛り」と一律に書かれることがありますが、100万円の線が効くのは限られた人だけです。

課税事業者になった経緯	縛りの引き金になる金額（税抜）	対象資産
課税事業者選択届出書を提出した	100万円以上	調整対象固定資産（棚卸資産以外）
資本金1,000万円以上で設立・特定新規設立法人	100万円以上	調整対象固定資産（棚卸資産以外）
インボイス登録の経過措置で登録した	1,000万円以上	高額特定資産（棚卸資産を含む）
基準期間の課税売上高が1,000万円を超えている	1,000万円以上	高額特定資産（棚卸資産を含む）

インボイス制度をきっかけに登録した人は、課税事業者選択届出書を提出していません。国税庁のインボイスQ&A問115は、免税事業者に係る登録の経過措置の適用を受けて適格請求書発行事業者になった者について「『課税選択届出書』の提出をして課税事業者となっていませんので、これに該当することはありません」と明記しています。登録で課税事業者になった人に効くのは1,000万円の線であって、100万円の線ではありません。

1,000万円の線は高額特定資産の特例です。一の取引の単位につき税抜1,000万円以上の棚卸資産または調整対象固定資産を、簡易課税制度と2割特例の適用を受けない課税期間中に取得すると、取得した課税期間の翌課税期間から、取得した課税期間の初日以後3年を経過する日の属する課税期間まで、事業者免税点制度が適用されません（No.6502）。

同じ規定には、あまり知られていない引き金がもう2つあります。

• 自己建設高額特定資産：建設等に要した原材料および経費の税抜累計額が1,000万円以上になった場合
• 金または白金の地金等：仕入れ等の金額の合計額（税抜）が200万円以上である場合

地金だけは、一の取引単位ではなく合計額200万円以上で判定します。1回の取引が小さくても積み上がれば該当する点が、他の2つと違います。

簡易課税にも2割特例にも逃げられない

3年の制限がかかると、納税額を抑える手段も同時に塞がれます。

高額特定資産などを取得した場合、その課税期間の初日以後3年を経過する日の属する課税期間の初日の前日までの期間は、消費税簡易課税制度選択届出書を提出できません。すでに提出されていた場合も、その届出書の提出はなかったものとみなされます（No.6502）。新設法人・特定新規設立法人が調整対象固定資産を取得した場合も、同じ期間は提出できません（No.6503）。

課税事業者選択届出書を出した人の簡易課税については、国税庁の書きぶりが揃っていません。No.6501は「2年間は消費税簡易課税制度選択届出書を提出することもできません」としており、No.6502・No.6503の「3年を経過する日の属する課税期間の初日の前日まで」とは期間の表現が異なります。どちらで読むかで切り替えられる時期が1年変わるので、届出書を出す前に所轄税務署に確認してください。

もう一点、簡易課税そのものの要件も混同されがちです。簡易課税を使えるのは、基準期間の課税売上高が5,000万円以下の課税期間です。この5,000万円は簡易課税の要件であって、消費税の納税義務が生じるかどうかを判定する1,000万円とは別の数字です（No.6505）。

2割特例も使えません。国税庁のインボイスQ&A問115は、2割特例の適用ができない課税期間として、課税事業者選択届出書の提出後2年以内に一般課税で調整対象固定資産を取得した場合、新設法人・特定新規設立法人の特例の適用を受けた課税期間中に一般課税で調整対象固定資産を取得した場合、一般課税で高額特定資産を取得した場合、金または白金の地金等を200万円以上仕入れた場合を、いずれも列挙しています。

ただし2割特例には、そもそも期限があります。適用できるのは令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日の属する各課税期間までで、個人事業者は令和8年分の申告が最後です。後継として個人事業者に限り令和9年分・令和10年分に3割特例が用意されていますが、法人は使えません。詳しくは2割特例の終了と3割特例で扱っています。

還付が出るのは、100万円の資産では届かない

ここで金額の感覚を合わせておきます。3年縛りの引き金は100万円ですが、還付が1円でも出るには、売上に係る消費税額を仕入れに係る消費税額が上回らなければなりません。

年間の経費200万円・そのうち課税仕入が60％という条件で、還付が出る設備投資額の下限を計算しました。

年間売上（税抜）	売上に係る消費税	経費分の仕入税額	免税なら手元に残る額	還付が出る設備投資額（税抜）の下限
500万円	50万円	12万円	38万円	380万円超
600万円	60万円	12万円	48万円	480万円超
700万円	70万円	12万円	58万円	580万円超
800万円	80万円	12万円	68万円	680万円超
900万円	90万円	12万円	78万円	780万円超
1,000万円	100万円	12万円	88万円	880万円超

※ 経費200万円・課税仕入率60％・税率10％／2026年（令和8年）分基準。scripts/kazei-sentaku-3nen.mjs で再生成できます

売上600万円の人が課税事業者を選んでも、480万円を超える設備投資をしなければ還付は1円も出ません。縛りの入口である100万円との差は4.8倍あります。

この100万円から480万円までの帯が、いちばん割に合わない場所です。還付にはならず納税額が減るだけなのに、調整対象固定資産には該当するので、免税に戻れない期間だけが3年に延びます。170万円の社用車を買って還付を期待した、という状況がこれに当たります。

なお、当サイトの判定ツールは消費税の納付額の下限を0円としており、還付は計算に入れていません。設備投資の年の結果は、ツールが出した金額に還付の見込額を足して読んでください。計算の前提は計算方法についてにまとめています。

免税に戻れないと、法人化の判定まで動く

3年縛りの本当のコストは、還付の有無ではなく、その間ずっと免税事業者でいられないことです。免税でいられるかどうかで手取りがどれだけ変わるかを計算しました。

年間売上（税抜）	事業所得	個人・免税	個人・課税	1年の差	3年の差
500万円	300万円	259.1万円	232.2万円	26.9万円	80.8万円
600万円	400万円	336.1万円	303.1万円	33.0万円	99.1万円
700万円	500万円	403.3万円	370.6万円	32.7万円	98.0万円
800万円	600万円	466.2万円	427.3万円	38.9万円	116.7万円
900万円	700万円	528.1万円	484.5万円	43.6万円	130.8万円
1,000万円	800万円	591.1万円	540.7万円	50.3万円	151.0万円

※ 経費200万円・東京23区・40歳未満・独身・青色申告（e-Tax）／2026年（令和8年）分基準

売上1,000万円なら、免税で手元に残る消費税は88万円です。ところが手取りの差は50.3万円しかありません。**免税で増えた88万円のうち、手取りに残るのは57％**です。残りは所得税・住民税・国民健康保険料・個人事業税として出ていきます。

そしてこの表には、金額の順に並んでいない行が1つあります。売上700万円の差額32.7万円は、売上600万円の33.0万円より小さいのです。免税で手元に残る額は48万円から58万円へ10万円増えているのに、手取りの差は縮んでいます。

原因は基礎控除の段差です。令和8年分の基礎控除は、合計所得金額489万円以下なら104万円、489万円超655万円以下なら67万円です。売上700万円の場合、課税事業者なら青色申告特別控除後の事業所得は435万円で104万円の側に収まりますが、免税事業者だと58万円が乗って493万円になり、67万円の側へ落ちます。免税で増えた58万円と引き換えに、控除が37万円消えます。

法人化の判定にも同じことが起きます。事業所得800万円（売上1,000万円）の行を、インボイス登録の有無で比べると次のようになります。

事業所得	個人のまま	法人化（最適報酬）	最適な役員報酬	実質差額（年）	判定
400万円	336.1万円	307.8万円	月32万円	−48.4万円	個人のまま有利
600万円	466.2万円	454.5万円	月48万円	−31.7万円	個人のまま有利
800万円	591.1万円	593.4万円	月54万円	−17.7万円	ほぼ互角
1,000万円	657.1万円	662.4万円	月54万円	−14.7万円	ほぼ互角
1,200万円	774.2万円	787.6万円	月54万円	−6.6万円	ほぼ互角
1,500万円	928.2万円	972.0万円	月54万円	＋23.9万円	法人化が有利
1,800万円	1082.1万円	1149.1万円	月90万円	＋47.0万円	法人化が有利
2,100万円	1232.0万円	1332.6万円	月95万円	＋80.6万円	法人化が有利
2,500万円	1395.0万円	1551.1万円	月100万円	＋136.1万円	法人化が有利
3,000万円	1599.6万円	1816.8万円	月100万円	＋197.2万円	法人化が有利

※ 経費200万円・東京23区・40歳未満・独身・青色申告（e-Tax）・インボイス未登録・合同会社／2026年（令和8年）分基準 ※ 実質差額は税理士報酬の差（年20万円）と法人住民税の均等割を差し引いた後の金額

免税事業者でいられる状態なら、事業所得800万円の実質差額は−19.1万円で「ほぼ互角」です。同じ条件を課税事業者に変えると、個人のままは540.7万円、法人化は536.6万円、実質差額は−24.1万円になり、判定は「個人のまま有利」に変わります。還付を取りにいった選択が、3年後の法人化の判断まで動かしていることになります。

新しく設立した法人の免税がどこで壊れるかは、新設法人の消費税免税の条件で4つの条件に分けて整理しています。

第3年度の調整は、これとは別の話

「3年」という言葉は消費税にもう1つあります。課税売上割合が著しく変動したときの調整です。

調整対象固定資産の仕入れに係る消費税額を比例配分法で計算した場合、その計算に用いた課税売上割合と、第3年度の課税期間における通算課税売上割合を比べ、著しく増加または減少していれば、第3年度の課税期間で仕入控除税額を調整します。第3年度の課税期間とは、仕入れ等の課税期間の開始の日から3年を経過する日の属する課税期間です（No.6421）。

紛らわしいのですが、これは免税事業者に戻れない3年とは別の制度です。こちらは仕入税額控除の金額を後から直す話で、納税義務の話ではありません。また、第3年度の課税期間の末日にその資産を保有していなければ調整は不要です。

課税売上しかない事業者の場合、課税売上割合は取得時も通算後も100％のままなので、通常この調整は生じません。同じ「3年」でも、効く人が違います。

まとめ

• 免税事業者は消費税の還付を受けられない。受けるには課税事業者選択届出書を提出する必要があり、その効力は不適用届出書を出すまで続く
• 選択すると原則2年は免税に戻れない。税抜100万円以上の調整対象固定資産を一般課税の課税期間に取得すると、これが3年になる。1期目に買えば1年、2期目に買えば2年、戻れない期間が延びる
• 100万円の線が効くのは、課税事業者選択届出書を出した人と、資本金1,000万円以上の新設法人・特定新規設立法人。インボイス登録の経過措置で登録した人に効くのは高額特定資産の1,000万円の線
• 制限期間中は簡易課税制度選択届出書を提出できず、2割特例も使えない。ただし2割特例自体が令和8年9月30日を含む課税期間で終わる
• 売上600万円・経費200万円なら、還付が出るのは480万円を超える投資から。100万円から480万円の帯は、還付にならないのに3年縛りだけが付く
• 免税でいられなくなると手取りは年26.9万〜50.3万円下がり、事業所得800万円では法人化の判定が「ほぼ互角」から「個人のまま有利」へ動く

還付の金額だけを見ると得に見えても、そのあとの3年をどう過ごすかまで含めると結論が変わります。一般論の数字ではなく、自分の売上と経費、そして予定している投資額で確かめてください。