スキャナ保存後の原本は即時廃棄できる。捨ててはいけない1つの場合

紙で受け取った領収書をスキャンして、原本を捨てる。これは電子帳簿保存法のスキャナ保存という制度で、要件を満たせば画像と紙を見比べた後に即時に廃棄して差し支えないとされています。定期的な検査を待つ必要はありません。

ただし捨ててはいけない場合が1つあります。入力期間を過ぎてしまった書類です。そしてスキャナ保存には、電子取引データ保存にはある「売上規模による検索要件の免除」がありません。この2つを押さえないまま原本を捨てると、後から取り返しがつきません。

スキャナ保存は「やりたい人だけ」の制度

電子帳簿保存法は3つの制度に分かれていて、対応が必要なのは電子取引データ保存だけです。電子帳簿等保存とスキャナ保存は、国税庁のパンフレットでも【希望者のみ】と明記されています。

紙で受け取った領収書は、紙のまま保存するのが原則です。スキャナ保存をしなくても法令違反にはなりません。やらなくてよい制度だからこそ、中途半端に始めて原本を捨てるのが最も損をします。 電子取引データ保存のほうは選択肢がないので、そちらの要件は電子取引データ保存の要件は3つにまとめています。

対象になる書類の範囲も、電子取引とは考え方が違います。国税庁は書類を重要度で3つに区分しています。

区分	書類の例	入力期間
重要書類	契約書、領収書、預金通帳、小切手、約束手形、請求書、納品書、送り状	制限あり
一般書類	見積書、注文書、検収書、入庫報告書、貨物受領証、納品書の写し	制限なし（適時入力可）
対象外	棚卸表、貸借対照表、損益計算書などの決算関係書類	—

仕訳帳や総勘定元帳といった帳簿は、そもそもスキャナ保存の対象ではありません。帳簿は電子帳簿等保存という別の制度で扱います。また売上伝票などの伝票類は、所得税法施行規則や法人税法施行規則が保存を求める書類に当たらないため、国税関係書類に該当せずスキャナ保存の適用がありません。「社内の伝票をスキャンして電帳法対応にする」という言い方は、制度の上では成立しません。

原本を即時廃棄できる条件と、捨ててはいけない1つの場合

令和3年度の税制改正で適正事務処理要件が廃止され、令和4年1月1日以後に保存を行う国税関係書類については、定期的な検査が不要になりました。そのため国税庁は、スキャナで読み取って最低限の同等確認を行った後であれば、紙は即時に廃棄して差し支えないとしています。

同等確認とは、画像の記録事項と紙の記載事項を比べて、同じであること（折れ曲がりなどがないことを含みます）を確かめる作業です。第三者の検査でも上長の承認でもなく、読み取った本人が見比べれば足ります。一人会社でも回る手続きです。

捨ててはいけないのは、入力期間を経過してしまった書類です。入力期間の制限はスキャナ保存の要件の1つなので、これを外した電磁的記録は要件を満たさない保存になります。この場合は電磁的記録と合わせて紙も保存することになります。うっかり期間を過ぎた書類だけを紙に戻す、という運用が必要です。

収入印紙を貼った契約書も廃棄できる

印紙税の納税義務は課税文書を作成したときに成立します。そのため課税文書であれば収入印紙の貼付は必要ですが、貼付した後にスキャンして同等確認を済ませていれば、収入印紙が貼られた紙自体は即時に廃棄して差し支えないとされています。

ただし印紙税の過誤納還付を受けるには原本の提示が必要です。スキャナデータや、それを出力した書面では還付を受けられません。印紙を貼りすぎたかもしれない契約書は、廃棄の前に確認しておく箇所です。

もう1つ、令和5年度の税制改正で解像度・階調・大きさに関する情報の保存が不要になりました。この結果、備え付けているプリンタの最大出力より大きい書類を読み取った場合も、同等確認の後であれば原本を廃棄して差し支えないとされています。改正前は紙の保存が必要とされていた場面です。A3の図面や大判の請求書を扱う事業では、ここが実務上の分かれ目になります。

要件は重要書類と一般書類で1段違う

国税庁のパンフレット「はじめませんか、書類のスキャナ保存」に要件の一覧があります。重要書類と一般書類で違うのは4か所です。

要件	重要書類	一般書類
入力期間の制限	あり	なし（適時入力可）
解像度200dpi相当以上	必要	必要
カラー画像での読み取り	必要	グレースケール可
タイムスタンプの付与	必要（代替可）	必要（代替可）
ヴァージョン管理	必要	必要
帳簿との相互関連性の確保	必要	不要
見読可能装置の備付け	カラー14インチ以上	白黒読み取りなら白黒対応で可
システム概要書等の備付け	必要	必要
検索機能の確保	必要	必要

一般書類のルールを採用する場合は、事務の手続（責任者、入力の順序や方法など）を明らかにした書類の備付けが別途必要になります。要件が緩む代わりに、書面が1つ増える構造です。

入力期間には2つの方式があります。書類を作成または受領してから速やか（おおむね7営業日以内）に入力する早期入力方式と、業務処理サイクルの期間を経過した後に速やかに入力する業務処理サイクル方式です。後者は最長2か月とおおむね7営業日以内まで認められますが、事務の処理規程を定めている場合にしか採用できません。規程を作らずに「月末にまとめてスキャンする」運用をすると、早期入力方式の7営業日で判定されることになります。

なお、おおむね7営業日以内に入力できない特別な事由がある場合は、その事由が解消した後に直ちに入力すれば速やかに入力したものとして扱われます。ただし機器のメンテナンスを怠ってスキャナが故障したような、明らかに保存義務者の責めに帰すべき事由があるときは、この取扱いはありません。

スマホで撮るならA4で約387万画素

解像度の要件は25.4ミリメートル当たり200ドット以上です。スマートフォンやデジタルカメラも入力装置に該当しますが、撮影した画像の解像度は72dpiと表示されることがあります。これは規格上、解像度が不明なときに72dpiを記録することになっているためで、それだけで要件を満たさないと判断されるわけではありません。

判断は書類の大きさと画素数で行います。国税庁はA4サイズを例に、縦2,338画素・横1,654画素、総画素で約387万画素以上が必要だと示しています。機器によって縦横比が異なる場合は、縦横それぞれの画素数を満たす必要があります。

私物のスマートフォンを使うことについて、法令上の制約はありません。ただし私物かどうかにかかわらず、保存場所にその機器の操作マニュアルなどを備え付ける必要があります。

タイムスタンプは、訂正・削除の履歴が残るシステム（訂正・削除ができないシステムを含みます）に入力期間内に格納したことを確認できる場合、その確認をもって代えられます。ここで注意したいのは、入力期間内に単にスキャンを終えていればよいのではないことです。入力期間内に、タイムスタンプが付された状態か、履歴が残るシステムに格納された状態まで到達している必要があります。

検索要件に「売上規模による免除」はない

電子取引データ保存には、基準期間の売上高5,000万円以下の事業者などが、ダウンロードの求めに応じられるようにしていれば検索要件を満たす必要がない、という免除があります。基準期間がない新設法人の1期目・2期目も同じ扱いです。

この免除はスキャナ保存の側には置かれていません。 国税庁が公表しているスキャナ保存の要件一覧では、検索機能の確保は重要書類・一般書類のいずれについても必要とされています。売上が小さい一人会社でも、日付・金額・取引先の3項目で検索できる状態を自分で作る必要があります。

共通しているのは、税務職員によるダウンロードの求めに応じられるようにしている場合、範囲を指定した検索と2項目以上を組み合わせた検索が不要になる点です。この緩和は両方の制度にあります。

負担を下げる方法もあります。国税庁は、一覧表を作って個々の保存ファイル名と対応させる索引簿方式を、スキャナ保存にも適用して差し支えないとしています。電子取引データと同じ索引簿・同じシステムで管理することも認められます。 検索して探し出された記録事項だけが整然と明瞭に出力されるなら問題ないという整理です。ただしスキャナ保存の側にはヴァージョン管理などの要件が別にあるので、索引簿を共通化しても要件まで共通にはなりません。

画像をテキスト化できなくても構いません。日付・金額・取引先を手入力して検索条件に設定できれば要件を満たします。取引先ごとにフォルダを分け、その中で日付と金額を検索できる形にする方法も認められています。

原本を捨てた後に要件を外すと、何が動くか

要件を満たさずに保存されている電磁的記録は、各税法上の保存書類として扱われません。国税庁は、そのような場合にはスキャナ保存に係る紙原本の保存がある場合を除き、仕入税額控除の否認や青色申告の承認取消しがされる可能性があるとしています。青色申告の承認取消しについては、不履行の事実と程度、記帳状況、改善可能性などを総合勘案して判断されるとも書かれています。

読むべきは「紙原本の保存がある場合を除き」の部分です。原本を残していれば、要件を外しても紙で保存義務を果たせます。原本を捨てていると、この逃げ道がありません。スキャナ保存を途中で取りやめた場合も同じで、原本を廃棄しているなら、保存期間が満了するまで電磁的記録をスキャナ保存の要件に従って保存し続けることになります。

では、その「否認され得る仕入税額控除」はいくらなのか。当サイトの計算エンジンで、事業所得（売上−経費）を800万円に固定したまま経費だけを動かして計算しました。

年間経費	うち課税仕入れ（60％）	1年分の仕入税額控除	保存期間7年分	法人化の実質差額（年）
100万円	60万円	6.0万円	42.0万円	−22.7万円
200万円	120万円	12.0万円	84.0万円	−22.7万円
300万円	180万円	18.0万円	126.0万円	−22.7万円
500万円	300万円	30.0万円	210.0万円	−22.7万円
800万円	480万円	48.0万円	336.0万円	−22.7万円
1,200万円	720万円	72.0万円	504.0万円	−22.7万円

※ 事業所得（売上−経費）を800万円に固定し、経費だけを動かした場合 ※ 東京23区・40歳未満・独身・青色申告（e-Tax）・インボイス登録済み・合同会社／2026年（令和8年）分基準 ※ 課税仕入割合60％は当サイトの計算エンジンの既定値。仕入税額控除は課税仕入れに係る消費税額（税率10％） ※ 保存期間7年は法人の帳簿書類の原則。青色欠損金が生じた事業年度は10年

右端の列に注目してください。経費が100万円でも1,200万円でも、法人化の実質差額は**−22.7万円のまま1円も動きません**。事業所得が同じなら、経費の大きさは法人化の有利不利に影響しないからです。一方、否認され得る仕入税額控除は経費に正比例して増えます。経費1,200万円の事業では、1年分だけで72.0万円です。

つまり経費の大きい事業ほど、スキャナ保存の要件を外して原本を捨てる代償が重くなるのに、法人化を検討する側の判断材料からはその重さが一切見えません。書類の量が多い事業ほど紙を捨てたい動機は強いので、動機と危険が同じ方向に大きくなる構造になっています。

法人化そのものの損得は、経費ではなく事業所得で動きます。同じ経費300万円で所得だけを変えると次のようになります。

事業所得	個人のまま	法人化（最適報酬）	最適な役員報酬	実質差額（年）	判定
400万円	303.1万円	274.5万円	月28万円	−48.6万円	個人のまま有利
600万円	427.3万円	409.7万円	月42万円	−37.6万円	個人のまま有利
800万円	540.7万円	536.6万円	月54万円	−24.1万円	個人のまま有利
1,000万円	657.1万円	662.4万円	月54万円	−14.7万円	ほぼ互角
1,200万円	774.2万円	787.6万円	月54万円	−6.6万円	ほぼ互角
1,500万円	928.2万円	972.0万円	月54万円	＋23.9万円	法人化が有利
1,800万円	1082.1万円	1149.1万円	月90万円	＋47.0万円	法人化が有利
2,100万円	1232.0万円	1332.6万円	月95万円	＋80.6万円	法人化が有利
2,500万円	1395.0万円	1551.1万円	月100万円	＋136.1万円	法人化が有利
3,000万円	1599.6万円	1816.8万円	月100万円	＋197.2万円	法人化が有利

※ 経費300万円・東京23区・40歳未満・独身・青色申告（e-Tax）・インボイス登録済み・合同会社／2026年（令和8年）分基準 ※ 実質差額は税理士報酬の差（年20万円）と法人住民税の均等割を差し引いた後の金額

事業所得1,500万円で法人化が有利になり、その差は年23.9万円です。この表と同じ経費300万円なら、原本を捨てたうえで要件を外したときに問題になり得る仕入税額控除は1年分で18.0万円。経費が500万円なら30.0万円です。法人化1年分の値打ちと同じ桁の金額が、事務のやり方1つで動きます。計算の前提は計算方法についてにまとめています。

要件を満たしていれば、紙がなくても仕入税額控除は認められる

逆向きの確認もしておきます。国税庁は、スキャナ保存の要件を満たして電磁的記録を保存している場合、その基となった紙を保存していなくても、消費税法第30条第7項に規定する請求書等が保存されていることになるとしています。要件さえ満たしていれば、紙がないこと自体は問題になりません。

もう1つ、電子取引で受け取ったデータを印刷した書面をスキャナ保存することはできません。他者から受領した電子データを紙に出力して保存すること自体が電子帳簿保存法に基づくものではないため、その出力書面はスキャナ保存の対象になりません。猶予措置を使って出力している書面も同じ扱いです。

改ざんがあれば重加算税の加重措置の対象になる

スキャナ保存した電磁的記録を削除・改ざんして売上除外や経費の水増しを行った場合や、保存されたデータの内容が取引実態を表していない架空取引の場合は、重加算税の加重措置の対象になります。データを直接いじった場合だけでなく、書類を受領してからスキャナ保存するまでの紙の段階での不正も含まれます。

令和8年6月の国税庁パンフレットは、電子取引データについて重加算税を10％加重すると説明したうえで、一定の要件（デジタルシームレス保存）を満たす場合に加重の対象から除外する措置を案内しています。この除外措置が適用されるのは、令和9年1月1日以後に法定申告期限が到来する国税についてです。

ただし取扱通達8-24は、この除外措置の対象は電子取引の取引情報に係る電磁的記録に限られると明記しています。スキャナ保存のデータには、除外へ抜ける道が用意されていません。

始めるのに手続きは要らないが、始めた日は記録する

スキャナ保存に事前の承認は必要ありません。令和3年度の税制改正で承認制度が廃止されています。課税期間の途中から始めることもでき、書類の種類ごとに一部だけを対象にすることもできます。電子帳簿等保存のように課税期間の始めから一貫している必要はありません。

その代わり、スキャナ保存を開始した日と取りやめた日を明確にしておく必要があります。書類の種類の単位ごとに、一定の継続性をもって保存が行われることが前提になっているためです。届出書がない制度なので、開始日を証明するものは自分の記録しかありません。

例外は過去分重要書類です。スキャナ保存を始めた日より前に作成・受領した重要書類をスキャナ保存する場合は、あらかじめ所轄税務署長等に適用届出書を提出する必要があります。過去の段ボールを片付けたい場合は、この届出が先です。

使うソフトが要件を満たしているかは、取扱説明書などで確認します。公益社団法人日本文書情報マネジメント協会（JIIMA）が機能要件への適合を確認したソフトウェアは、認証製品一覧表に掲載され、国税庁ホームページからも確認できます。ただし機能要件以外の要件（システム関係書類の備付けなど）は自分で満たす必要があります。認証ソフトを買えば要件が全部そろうわけではありません。

保存する年数そのものは法人の帳簿保存は7年、赤字年度は10年で扱っています。スキャナ保存に切り替えても、保存すべき期間は変わりません。

法人化を検討している段階なら、この記事の数字は一般論の目安として読んでください。実質差額は事業所得・自治体・扶養の状況で変わります。自分の売上と経費で確かめてから、事務の設計を決める順番をおすすめします。

まとめ

• 要件を満たしてスキャナ保存し、画像と紙を見比べる同等確認をした後であれば、紙の原本は即時に廃棄して差し支えないとされています
• 捨ててはいけないのは入力期間を過ぎた書類です。この場合は電磁的記録と合わせて紙も保存します
• 収入印紙を貼った文書も廃棄できますが、印紙税の過誤納還付には原本の提示が必要です
• 検索要件の売上規模による免除は電子取引データ保存の側にあり、スキャナ保存の要件には置かれていません。索引簿方式は両方で使えます
• 事業所得800万円で経費を100万〜1,200万円まで動かしても法人化の実質差額は−22.7万円で動きませんが、否認され得る仕入税額控除は6.0万円から72.0万円まで正比例で増えます