一人社長も年末調整が必要。自分で自分の税額を精算する

社長1人の会社では、会社と社長が同じ人に見えます。しかし税務上は、会社が給与の支払者、社長個人が受給者です。役員報酬を払っているなら、一人社長でも年末調整を省略できません。

会社側には税額を計算して納付・報告する義務があり、社長個人には控除申告書を提出して源泉徴収票を受け取る立場があります。印鑑や担当者が同じでも、書類上の役割は混ぜません。

年末調整は毎月の源泉税と年税額の差を精算する

毎月の役員報酬から引いた源泉所得税は仮の金額です。年末に基礎控除、配偶者控除、保険料控除などを反映し、引きすぎなら還付、不足なら追加徴収します。

12月の対象になるのは、扶養控除等申告書を提出し、1年を通じて勤務した人などです。年間給与が2,000万円を超える人は年末調整の対象外となり、確定申告で精算します。

月額表で引いた税額は最終税額ではない

毎月の源泉徴収では、その月の社会保険料控除後の給与と扶養人数を使います。生命保険料控除、地震保険料控除、年末時点の配偶者の所得などは、通常は月ごとの税額へすべて反映されません。

年末調整前に集計するもの	使い道
1〜12月の役員報酬	年間給与収入
給与から引いた社会保険料	社会保険料控除
毎月の源泉所得税	精算前の納付済み税額
扶養・配偶者の年末状況	人的控除の判定
生命保険料等の証明書	保険料控除

年間の所得税額が毎月の徴収合計より小さければ、会社が社長へ差額を還付します。大きければ12月または最後の給与から不足額を追加徴収します。還付金を税務署が社長へ直接振り込む処理ではありません。

会社は還付・追加徴収後の金額を源泉所得税の納付へ反映します。納期の特例を使う会社では、7〜12月分を翌年1月20日までにまとめるため、年末調整の過不足も同じ納付データへ正しく反映させます。

年末調整の対象外になる人

一人社長でも次のような場合は、通常の12月年末調整の対象外になります。

• その年の給与収入が2,000万円を超える
• 扶養控除等申告書を会社へ提出していない
• 災害減免法により、その年の給与に対する源泉所得税の徴収猶予や還付を受けた
• 年の途中で退任し、年末調整の対象となる例外に当たらない

対象外は「税金の精算が不要」という意味ではありません。社長個人が確定申告で精算します。会社側の源泉徴収票作成や給与支払報告は残ります。

一人会社でも書類は分かれる

時期	主な書類・処理
年初・入社時	扶養控除等申告書
年末	基礎控除・配偶者控除等申告書、保険料控除申告書
12月給与	年税額を計算して過不足を精算
翌年1月31日まで	源泉徴収票の交付、法定調書等の提出

自分が自分へ提出する形でも、申告書を作らず口頭で済ませることはできません。税額計算の根拠として保存します。源泉徴収票はすべての受給者へ翌年1月31日までに交付します。

書類は4つの提出先へ分かれる

書類	誰から誰へ	主な目的
各種控除申告書	社長個人→会社	年税額の計算根拠
源泉徴収票	会社→社長個人	給与・税額の証明
給与支払報告書	会社→社長住所地の市区町村	翌年度住民税の計算
法定調書合計表等	会社→税務署	給与・報酬等の報告

「源泉徴収票を自分へ渡したから完了」ではありません。市区町村は給与支払報告書をもとに住民税を計算します。税務署には、提出範囲に該当する源泉徴収票と法定調書合計表、税理士報酬などの支払調書を提出します。

一人会社でも、会社所在地と社長の住所地が別の市区町村なら提出先が分かれます。引っ越しが年末に重なった場合は、翌年1月1日現在の住所を確認します。

12月給与から1月末までの実務順序

時期	処理
11〜12月	控除申告書・証明書をそろえる
12月給与確定前	年間給与、社会保険料、源泉税を集計
12月給与	年税額を計算し、還付または追加徴収
翌年1月20日まで	納期の特例利用者は7〜12月分を納付
翌年1月31日まで	源泉徴収票交付、給与支払報告書・法定調書提出

1月31日が土日祝日なら期限は翌開庁日です。年末調整そのもの、源泉税の納付、法定調書の提出は別作業なので、それぞれ完了を記録します。

年の途中で法人化した初年度

7月に法人成りし、8月から役員報酬を払ったなら、法人の年末調整に入るのは8〜12月の役員給与です。1〜7月の個人事業所得を会社の年末調整へ入れることはできません。

法人化前後の収入	処理する場所
法人化前の個人事業所得	社長個人の確定申告
前職の給与	前職の源泉徴収票を会社へ提出して年末調整できる場合あり
法人化後の役員報酬	自分の会社の年末調整
資産を法人へ売った譲渡所得	社長個人の確定申告

前職の会社員給与と自社の役員報酬は、前職の源泉徴収票を受け取って年末調整へ合算できる場合があります。一方、事業所得は年末調整の対象外です。法人化初年度は、年末調整をしたうえで確定申告も行うケースが多くなります。

令和9年1月から二重提出が減る

令和9年1月1日以後は、市区町村へ給与支払報告書を提出すると、税務署へ給与所得の源泉徴収票を提出したものとみなされます。税務署用を別に作る事務が減ります。

ただし社長本人へ交付する源泉徴収票は引き続き必要です。法定調書合計表や、税理士報酬など他の法定調書まで全部なくなるわけでもありません。

この仕組みは電子提出の流れを簡素化するもので、年末調整計算そのものをなくす改正ではありません。給与支払報告書に誤りがあれば、住民税計算にも影響します。提出経路が一本化されても、氏名・住所・個人番号・支払額・源泉徴収税額の確認は残ります。

年末調整と確定申告は別

1か所の役員報酬だけで年末調整が終われば、個人の確定申告が不要になることがあります。しかし同族会社から給与以外に貸付金の利子や不動産賃料を受け取る役員は、その所得が20万円以下でも確定申告が必要になる場合があります。

一人社長で確定申告が残りやすい例

• 法人成り前の個人事業所得がある
• 自宅や車を会社へ貸し、賃貸料を受け取った
• 社長個人が会社へ貸した資金の利子を受け取った
• 会社以外から業務委託報酬や不動産所得を得た
• 医療費控除、寄附金控除、住宅ローン控除の初年度を使う
• 給与収入が2,000万円を超えて年末調整の対象外になった

特に同族会社の役員が会社から受け取る貸付金利子や不動産賃料は、一般的な「給与以外の所得が20万円以下なら所得税の確定申告不要」という扱いだけで判断できません。国税庁は同族会社役員について別の申告要件を案内しています。

一人で相互確認するためのチェックリスト

1. 会社名義で各種控除申告書を受領・保存したか
2. 1〜12月の役員報酬、社会保険料、源泉税が給与台帳と一致するか
3. 年税額との差額を12月給与で精算したか
4. 源泉徴収票を社長個人へ交付したか
5. 1月20日の源泉税と1月31日の提出物を分けて管理したか
6. 社長住所地の市区町村へ給与支払報告書を出したか
7. 個人事業所得や会社との賃貸・利子があり、確定申告が必要でないか

法人化した年のタイミングによって、個人事業所得と役員給与が同じ年に並びます。自分の売上・経費を判定ツールへ入れるときも、法人化前後でどの所得がどちらへ帰属するかを先に整理してください。

法人化した年のタイミングによっては、個人事業所得と役員給与が同じ年に並びます。その年は個人事業分も含めて確定申告します。毎月の納付回数は源泉所得税の納期の特例で減らせます。

よくある誤りと修正箇所

誤り	影響するもの	確認する修正
社会保険料を1か月分入れ忘れ	年税額、源泉徴収票	年末調整再計算、源泉税
扶養親族の所得見積りが違う	配偶者・扶養控除	年末調整または確定申告
前職の源泉徴収票を合算していない	年間給与・源泉税	年末調整再計算
住所が前年のまま	給与支払報告書	1月1日住所地へ訂正
個人事業所得を年末調整へ入れた	所得区分	給与だけで再計算し確定申告

源泉徴収票を交付した後に誤りが見つかった場合は、訂正後の源泉徴収票、給与支払報告書、法定調書を作成します。社長本人だけの会社でも、市区町村や税務署へ送った数字との一致が必要です。

年末調整で還付した金額が大きく、次回納付する源泉所得税から引ききれない場合の処理もあります。会社の現金から還付したまま放置せず、以後の納付額への充当や還付請求の手続きを確認します。

まとめ

• 役員報酬を払う一人会社も年末調整を行う
• 会社と社長個人を別の立場として書類を作る
• 年間給与2,000万円超は年末調整の対象外
• 源泉徴収票は翌年1月31日までに本人へ交付する
• 令和9年1月から市区町村への給与支払報告書で税務署提出を兼ねる仕組みが始まる