医療費控除は法人化で戻る額が減る。医療費100万円で年21万円の差

医療費控除の説明でよく出てくる「10万円を超えた分」は、条件付きの数字です。国税庁は差し引く額を10万円とし、その年の総所得金額等が200万円未満の人は総所得金額等の5パーセントの金額だと注記しています。

では法人化して役員報酬に切り替えると、所得の出方が変わるぶん、この差し引き額（以下「足切り」）は下がるのでしょうか。計算エンジンで所得帯ごとに確かめたところ、最適な役員報酬で法人化するかぎり、足切りは1円も動きませんでした。動いたのは、同じ医療費に対して戻ってくる税金のほうです。

足切りは10万円ではなく、10万円と総所得金額等の5%の少ないほう

医療費控除の額は、国税庁の式では次のように計算します（所法73）。

（実際に支払った医療費の合計額 − 保険金などで補てんされる金額） − 10万円 ※ その年の総所得金額等が200万円未満の人は、総所得金額等の5パーセントの金額

控除額の上限は200万円です。ここで200万円という数字が2回出てきますが、上限の200万円と、足切りの判定に使う総所得金額等200万円は別物です。前者は控除できる額の頭打ち、後者は足切りを10万円から5%へ切り替える境目を指します。

総所得金額等は、事業所得・不動産所得・給与所得などを合計した金額です。国税庁の用語説明では、純損失や雑損失の繰越控除を受けている場合はその適用「後」の金額とされています。よく似た「合計所得金額」は繰越控除の適用「前」の金額なので、同じ数字にならない年があります。医療費控除の足切りで見るのは総所得金額等のほうです。

個人事業主の場合、総所得金額等は青色申告特別控除を引いたあとの事業所得です。法人化して役員報酬を取ると、給与所得控除を引いたあとの給与所得に置き換わります。給与所得控除の最低保障額は74万円なので、同じ金額を受け取っても所得は小さく出ます。なお、この水準は令和8年分と令和9年分に限ったものです。本則より5万円高い特例加算が乗っています。だから「法人化すれば総所得金額等が下がって、足切りも5%側に落ちるのではないか」という発想が出てきます。

最適な役員報酬で法人化しても、足切りは5%側に落ちない

実際に計算すると、そうはなりません。当サイトの計算エンジンで、事業所得ごとに手取りが最大になる役員報酬を総当たりで求め、その報酬額から給与所得を逆算した結果が次の表です。

事業所得	個人のまま：総所得金額等	足切り	法人化：最適な役員報酬	法人化：総所得金額等（給与所得）	足切り
400万円	335.0万円	100,000円	月28万円	227.2万円	100,000円
600万円	535.0万円	100,000円	月42万円	359.2万円	100,000円
800万円	735.0万円	100,000円	月54万円	474.4万円	100,000円
1,000万円	935.0万円	100,000円	月54万円	474.4万円	100,000円
1,200万円	1135.0万円	100,000円	月54万円	474.4万円	100,000円
1,500万円	1435.0万円	100,000円	月54万円	474.4万円	100,000円
1,800万円	1735.0万円	100,000円	月90万円	885.0万円	100,000円
2,100万円	2035.0万円	100,000円	月95万円	945.0万円	100,000円
2,500万円	2435.0万円	100,000円	月100万円	1005.0万円	100,000円
3,000万円	2935.0万円	100,000円	月100万円	1005.0万円	100,000円

※ 経費200万円・東京23区・40歳未満・独身・青色申告（e-Tax）・インボイス登録済み・合同会社／2026年（令和8年）分基準 ※ 総所得金額等は、個人のままなら青色申告特別控除を引いたあとの事業所得、法人化後は給与所得控除を引いたあとの給与所得

いちばん下がった行でも、法人化後の総所得金額等は227.2万円です。 事業所得400万円のときの最適報酬が月28万円で、年336万円から給与所得控除108.8万円を引いた金額がこれにあたります。200万円の境目まであと27万円届きません。

これは偶然ではありません。役員報酬を下げると会社に利益が残り、法人税と法人住民税がかかります。逆に上げすぎると社会保険料と個人の所得税が増えます。手取りが最大になる点はその中間にあり、事業所得400万円でも月28万円という水準になります。最適報酬の決まり方は役員報酬はいくらが最適かで96通りの計算を並べています。

表の中ほど、事業所得800万〜1,500万円の4行で最適報酬が月54万円のまま止まっているのも同じ理由です。この帯では報酬を増やしても社会保険料の増加が上回るため、報酬が動かず、給与所得も474.4万円で固定されます。ふるさと納税の上限は法人化で下がるで控除上限が同じ帯で横ばいになるのも、この報酬の頭打ちが原因です。

法人化で動くのは、足切りではなく戻る額のほう

足切りが同じなら控除額も同じです。それでも手取りへの効き方は変わります。医療費控除は所得控除なので、戻る税金は控除額にその人の税率を掛けた金額になるからです。法人化は役員報酬でいったん所得を圧縮する仕組みなので、個人側の税率が下がります。

年間の医療費を50万円、保険金等での補てんを0円としたときに戻る額を、所得税（復興特別所得税を含む）と住民税の所得割で計算しました。

事業所得	個人のまま：控除額	戻る額	法人化後：控除額	戻る額	差
400万円	400,000円	60,500円	400,000円	60,400円	−100円
600万円	400,000円	121,700円	400,000円	60,400円	−61,300円
800万円	400,000円	121,700円	400,000円	80,900円	−40,800円
1,000万円	400,000円	134,000円	400,000円	80,900円	−53,100円
1,200万円	400,000円	174,700円	400,000円	80,900円	−93,800円
1,500万円	400,000円	174,800円	400,000円	80,900円	−93,900円
1,800万円	400,000円	174,800円	400,000円	122,700円	−52,100円
2,100万円	400,000円	203,400円	400,000円	134,000円	−69,400円
2,500万円	400,000円	203,400円	400,000円	133,900円	−69,500円
3,000万円	400,000円	203,400円	400,000円	133,900円	−69,500円

※ 年間の医療費を50万円、保険金等での補てんを0円としたとき ※ 経費200万円・東京23区・40歳未満・独身・青色申告（e-Tax）・インボイス登録済み・合同会社／2026年（令和8年）分基準

同じ40万円の控除で、戻る額は個人のままなら6万500円から20万3,400円まで開きます。法人化後は6万400円から13万4,000円です。

目を引くのは事業所得400万円の行で、差が100円しかありません。 この帯では個人のままでも課税所得が低く、法人化して報酬を月28万円にしてもほぼ同じ税率帯に収まるためです。法人化で医療費控除が目減りするのは、税率が下がるだけの所得がある人に限られます。

医療費が100万円だと、法人化の年間メリットに届く

医療費が増えるほど差は広がります。同じ条件で年間の医療費を100万円にすると、こうなります。

事業所得	個人のまま：控除額	戻る額	法人化後：控除額	戻る額	差
400万円	900,000円	136,000円	900,000円	128,500円	−7,500円
600万円	900,000円	240,800円	900,000円	135,900円	−104,900円
800万円	900,000円	273,800円	900,000円	179,400円	−94,400円
1,000万円	900,000円	292,500円	900,000円	179,400円	−113,100円
1,200万円	900,000円	357,900円	900,000円	179,400円	−178,500円
1,500万円	900,000円	393,200円	900,000円	179,400円	−213,800円
1,800万円	900,000円	393,200円	900,000円	274,800円	−118,400円
2,100万円	900,000円	432,800円	900,000円	292,300円	−140,500円
2,500万円	900,000円	457,600円	900,000円	301,300円	−156,300円
3,000万円	900,000円	457,600円	900,000円	301,300円	−156,300円

※ 年間の医療費を100万円、保険金等での補てんを0円としたとき ※ 経費200万円・東京23区・40歳未満・独身・青色申告（e-Tax）・インボイス登録済み・合同会社／2026年（令和8年）分基準

事業所得1,500万円で21万3,800円の差になります。同じ条件・同じ計算エンジンで出した法人化の実質差額（税理士報酬の差と法人住民税の均等割を差し引いたあとの2年目以降の金額）は、この所得で年23.9万円です。医療費が100万円かかった年は、法人化で得られるはずだった23.9万円のうち21.3万円が医療費控除の目減りで相殺されます。

事業所得1,200万円の行はもっと厳しくなります。この所得の実質差額はもともと年−6.6万円で、判定は「ほぼ互角」です。ここに17万8,500円の目減りが乗ると、その年の差は24万円以上のマイナスになります。

もちろん医療費が毎年100万円かかるわけではありません。ただ、家族の持病や出産・入院が重なる時期が数年続くと読めているなら、単年の比較表だけで決めるのは危うい、ということです。判定が僅差の帯にいる人ほど効きます。

役員報酬を下げれば足切りは下がる。ただし戻る税金も消える

足切りを5%側に落とす方法がないわけではありません。役員報酬を最適額よりも低く設定すれば、給与所得は下がります。報酬額ごとに計算したのが次の表です。

役員報酬（月額）	年額	給与所得控除	給与所得（＝総所得金額等）	足切り
5万円	60万円	600,000円	0円	0円
8万円	96万円	740,000円	220,000円	11,000円
10万円	120万円	740,000円	460,000円	23,000円
12万円	144万円	740,000円	700,000円	35,000円
15万円	180万円	740,000円	1,060,000円	53,000円
18万円	216万円	740,000円	1,420,000円	71,000円
20万円	240万円	800,000円	1,600,000円	80,000円
25万円	300万円	980,000円	2,020,000円	100,000円
28万円	336万円	1,088,000円	2,272,000円	100,000円

※ 給与所得控除は令和8年分（最低保障額74万円）／2026年（令和8年）分基準

月25万円（年300万円）で給与所得が202万円になり、ここから足切りは10万円に戻ります。境目は年間の役員報酬2,971,429円で、月額にすると約24万8,000円です。役員報酬を意図的に低くする、いわゆるマイクロ法人型の設計では、たしかに足切りが10万円より小さくなります。

ただし足切りが下がっても、戻る税金がそれ以上に小さくなります。月5万円の行では給与所得が0円なので足切りも0円ですが、そもそも課税される所得がないため、医療費をいくら積んでも所得税・住民税からは1円も戻りません。報酬を下げた分の利益は会社に残り、法人税・法人住民税・法人事業税の対象になります。この型の損得はマイクロ法人は意味ないのかで社会保険料の差も含めて計算しています。

医療費控除のために報酬を下げる、という順序で考えるものではありません。報酬額は社会保険料と法人税の綱引きで決まり、医療費控除はその結果に付いてくる、と見るほうが正確です。

会社の経費にはできない。国保料と個人事業税にも効かない

法人化したのだから会社の経費で落とせばよい、とはなりません。社長個人の治療費を会社が負担すると、役員に対する経済的利益、つまり給与として扱われるのが原則です。しかも国税庁 No.5202 は、役員へ継続的に供与する経済的利益のうち毎月おおむね一定のものは定期同額給与になり得るが、それ以外は原則として損金算入されないとしています。年ごとに金額が動く治療費は、社長側で給与課税されたうえに会社の損金にもならない、という二重の不利になり得ます。

例外に近いのが健康診断と人間ドックです。所得税基本通達36-29は、役員・使用人が受ける経済的利益について、著しく多額な場合または役員だけを対象とする場合を除き、課税しなくて差し支えないとしています。一人会社でどこまで許されるかは一人社長の人間ドックは会社負担できる？で整理しました。

もう1つ、個人事業主の側で誤解されやすい点があります。医療費控除を積んでも、国民健康保険料は下がりません。国保の所得割は「旧ただし書き所得」、つまり総所得金額等から基礎控除43万円を引いた金額で決まり、所得控除は反映されないためです。個人事業税も、事業主控除を引いた事業の所得で計算するので同じです。仕組みは東京23区の国民健康保険料の計算方法で数字を追えます。

つまり医療費控除が効くのは、個人事業主なら所得税と住民税だけ、法人化後も所得税と住民税だけです。効く範囲は法人化の前後で変わらず、変わるのは掛かる税率のほうだ、というのが上の表の意味です。

もう1点、手続きの落とし穴があります。医療費控除は年末調整では処理できません。 国税庁は医療費控除の明細書を添えた確定申告書の提出を求めています。法人化して役員報酬だけになると年末調整で完結する年が続くため、医療費がかさんだ年に確定申告を忘れて取り逃すことがあります。一人会社の年末調整の流れは一人社長も年末調整が必要にまとめてあります。

なお、高額療養費を受け取った分は「保険金などで補てんされる金額」として医療費から差し引きます。法人化すると高額療養費の自己負担限度額の区分そのものが入れ替わるため、差し引く額も変わります。区分の境目は高額療養費の区分は法人化で入れ替わるで扱っています。

セルフメディケーション税制との選択は令和8年12月31日まで

医療費が足切りに届かない年でも、スイッチOTC医薬品を買っていればセルフメディケーション税制という選択肢があります。健康診断や予防接種などの取組を行っている人が、スイッチOTC医薬品などの特定一般用医薬品等を購入した場合、支払額のうち**12,000円を超える部分（上限88,000円）**を控除できる制度です。

注意点は3つあります。

1. 通常の医療費控除との選択適用で、両方は受けられません。しかも更正の請求や修正申告で選択を変更することはできません
2. 「一定の取組」を行う必要があるのは申告する本人で、生計を一にする家族が行っている必要はありません
3. 人間ドックなど「一定の取組」に要した費用そのものは、この特例の控除対象になりません

そして期限です。東京都主税局は、平成29年1月1日から令和8年12月31日までの間に購入した分が対象だと案内しています。2026年（令和8年）中の購入が現時点で示されている最後の対象分です。

法人化して役員報酬が月54万円になる帯（事業所得800万〜1,500万円）では、上限いっぱいの88,000円を控除しても、所得税と住民税を合わせて戻るのは17,800円です。上の表の水準と比べれば、判定を動かす規模ではありません。ただし、通常の医療費控除が足切りに届かない年の受け皿としては機能します。

まとめ

• 医療費控除の足切りは10万円と総所得金額等の5%の少ないほう。控除額の上限200万円と、足切りの判定に使う総所得金額等200万円は別の数字
• 最適な役員報酬で法人化しても、総所得金額等は最低227.2万円までしか下がらず、足切りは10万円のまま動かない
• 動くのは戻る額。医療費50万円なら事業所得1,200万〜1,500万円で年9.4万円前後、医療費100万円なら1,500万円で21万3,800円減る
• 事業所得1,500万円の実質差額は年23.9万円なので、医療費100万円の年はその大半が相殺される。判定が僅差の帯ほど効く
• 医療費控除は年末調整ではできない。法人化後も、医療費がかさんだ年は社長個人の確定申告が必要

ここに出した数字は、経費200万円・東京23区・40歳未満・独身という前提での概算です。配偶者や扶養親族がいれば控除も税率帯も変わり、医療費を合算できる範囲も広がります。一般論の数字ではなく、自分の売上と経費、そして実際にかかった医療費で確かめてください。計算の前提は計算の考え方に書いています。